36協定の提出方法を社労士が徹底解説｜初めての手続きもこれで安心
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はじめに
「36協定の提出方法がよくわからない」
「書類作成や労基署への提出に不安がある」
「年1回更新を忘れてしまう」
中小企業の労務担当者から、こうした声は非常に多く聞かれます。
36協定は、会社が従業員に時間外労働や休日労働を依頼するために必須の書類です。
提出し忘れたり、内容が間違っていたりすると、
労働基準監督署からの是正指導や未払い残業請求の原因にもなりかねません。
本記事では、社労士の視点で
「36協定の正しい提出方法・注意点・提出後の運用」
までをわかりやすく解説します。
1. 36協定とは？まずは基礎からおさらい
36協定（時間外・休日労働に関する協定届）は、
労働基準法36条に基づき、従業員に残業を依頼するための協定です。
協定がない状態で残業をさせると、
法律違反となり罰則（労基法第119条）や行政指導の対象になります。
2. 36協定の種類と提出すべき場面
36協定には2つの種類があります。
| 種類 | 内容 |
|---|---|
| 通常の36協定 | 月45時間・年360時間の残業を許容する基本協定 |
| 特別条項付き36協定 | 臨時的な特別の事情がある場合、上限を超えた時間外労働を許容する協定 |
特に特別条項付き協定には、
- 年720時間以内
- 月100時間未満
- 2〜6か月平均80時間以内
- 年6回以内
という厳しい規制があります。
3. 36協定提出方法【5つの手順】
36協定の提出は、以下の流れで行います。
手順①：従業員代表を選出する
36協定の締結には、
**「従業員を代表する者」**との書面による協定が必要です。
従業員代表は以下の条件を満たす必要があります。
- 管理監督者ではない
- 労使双方から不利益を受けない選出方法
- 投票・挙手など公正な方法で選ぶ
会社が一方的に指名した場合、協定が無効になることもあります。
手順②：36協定書（様式9号）を作成する
厚生労働省の様式に沿って作成します。
記載すべき主要項目は以下のとおりです。
- 事業場の名称・所在地
- 対象従業員
- 時間外労働・休日労働の限度
- 特別条項の有無
- 協定期間（1年以内）
- 従業員代表の署名または記名押印
協定期間は1年以内が原則で、毎年更新が必要です。
手順③：労働基準監督署へ提出する
提出方法は3種類あります。
| 提出方法 | 特徴 |
|---|---|
| 窓口提出 | 最も確実。控えに受領印を押してもらえる |
| 郵送提出 | 控えの同封を忘れずに |
| 電子申請（e-Gov） | 手続きがオンラインで完結。社労士が代理可能 |
会社規模が大きいほど、電子申請に切り替える企業が増えています。
手順④：控えを保存する
提出後、受領印の押された控えを
会社で5年間保存する必要があります。
労基署から調査が入った際は必ず確認されるため、
就業規則・36協定・賃金台帳・勤怠記録と一緒に保管しましょう。
手順⑤：従業員へ周知・運用する
作成・提出しただけでは不十分です。
以下の方法で従業員に周知する必要があります。
- 社内掲示
- 社内システムへのアップロード
- 社員説明会
- 管理職への運用ルール研修
正しく運用できていないと、
形だけの協定となり、労務リスクが発生します。
4. よくある提出ミス・注意点
4-1. 協定期間が切れている
36協定は「1年以内」のため、毎年提出し直す必要があります。
4-2. 特別条項の誤設定
特別条項は明確な上限があるにも関わらず、
不正確に記載されているケースが非常に多いです。
4-3. 従業員代表の選出手続きが不適切
会社が勝手に指名するのはNG。
正しい選出方法でない場合、無効と判断される可能性があります。
4-4. 勤怠管理と協定が一致していない
勤怠ツールの設定（キングオブタイム、タッチオンタイム等）が
36協定の内容と矛盾しているケースが多く見られます。
5. 提出後にやるべき「実運用」
36協定は、提出したら終わりではありません。
■毎月の残業時間のチェック
協定の上限を超えそうな従業員はいないか
→ 月末前にアラート管理が必要。
■特別条項の運用管理
発動理由、労使協議の記録、健康確保措置の実施
→ 必ず記録として残す。
■管理職研修
法律違反しないための知識を管理職が理解することが重要。
6. 社労士に提出方法を依頼するメリット
| メリット | 内容 |
|---|---|
| 最新法令に基づく正確な記載 | 働き方改革や上限規制の反映 |
| 従業員代表の選出支援 | 無効とされない選出方法をアドバイス |
| 電子申請の代行 | 労基署提出をスムーズに完了 |
| 就業規則・勤怠との整合性確認 | 実態に合った協定に調整 |
| 特別条項の運用支援 | 過重労働防止策までアドバイス |
特に中小企業では、社労士のサポートを受けることで
**「提出ミスのゼロ化」＋「実運用の定着」**が可能になります。
7. Q&A：よくある質問
Q1. 提出しないとどうなりますか？
A1. 残業をさせた時点で違法となり、労基署から是正勧告を受ける可能性があります。
Q2. 毎年同じ内容ではダメですか？
A2. 実態や法律改正に合わせて見直す必要があります。
Q3. 36協定は従業員数1名でも必要？
A3. 残業をさせる可能性があるなら必須です。
Q4. 電子申請は社労士に依頼できますか？
A4. はい。代理申請が可能です。
8. まとめ：36協定は正しく提出して初めて意味を持つ
36協定は、労務管理の基盤を作る重要な書類です。
提出方法を誤ると、会社にとって大きなリスクとなります。
樋口社会保険労務士法人では、
- 36協定書の作成
- 電子申請代行
- 特別条項の設定
- 就業規則や勤怠との整合性確認
- 管理職向けの研修
までトータルでサポートしています。
手続きに不安がある方、これから整備する企業様は
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